Bio Informaticien Junior H/F

💼 Offre d'emploi

Type de contrat

Contrat à durée indéterminée

Durée de travail

Expérience

Débutant accepté

Salaire

Annuel de 35000,00 Euros à 40000,00 Euros

CE, RIE, remboursement transports

Permis demandé

Aucune information

📍 Entreprise

Description de l'offre

Vous effectuerez les missions suivantes :

-       Traiter les données d'échantillons générées par les programmes cliniques de l'Institut.
-       Fournir des résultats et apporter une expertise en contrôle qualité (QC) et interprétation des résultats aux équipes cliniques.
-       Gérer un ensemble de pipelines de traitement de données multiomiques validés.
-       Développer des stratégies d'automatisation pour un traitement efficace des échantillons au sein de la plateforme d'analyse.
-       Contribuer au développement et à l'exécution d'un système de suivi du traitement et de l'analyse des données.
-       Concevoir et mettre en oeuvre des méthodes innovantes pour la restitution des résultats, afin d'aider les équipes cliniques dans leurs recherches.
-       Assurer la qualité des résultats sur l'ensemble de la plateforme.
-       Appliquer les dernières technologies et méthodologies pour garantir la pleine reproductibilité du traitement des données au sein de la plateforme d'analyse.
-       Valider et mettre en place de nouvelles étapes d'analyse et de traitement des données en collaboration avec l'équipe de développement de pipelines de la core facility bio-informatique et les groupes de recherche bio-informatique.
-       Collaborer étroitement avec l'équipe de gestion des données pour développer des stratégies de stockage et d'archivage des résultats.
-       Contribuer à la mise en place d'une infrastructure de gestion des métadonnées.
-       Assurer sa formation continue en restant informé(e) des évolutions dans les communautés bio-informatique et de recherche.
-       Participer aux réunions, ateliers et séminaires de Gustave Roussy.
-       Contribuer à des publications scientifiques si nécessaire.

Le(La) candidat(e) devra incarner les valeurs suivantes : ouverture, dynamisme et esprit collégial, et présenter le profil suivant :
Qualifications, expériences et compétences essentielles :
-      Diplôme dans une discipline pertinente avec une forte composante analytique (bio-informatique, statistiques, biologie moléculaire, mathématiques, ou équivalent).
-      Excellentes compétences en programmation dans un langage adapté (p. ex. Python, Java, R).
-      Excellentes compétences sur Linux et HPC.
-      Expérience dans l'exécution et le développement de pipelines bio-informatiques avec un système de gestion de workflows (p. ex. Nextflow, Snakemake).
-      Bonne compréhension des logiciels de traitement de données de séquençage haut-débit et des outils de traitement bio-informatique.
-      Compréhension des données multi-omiques et des approches d'analyse associées.
-      Compréhension des logiciels de reporting (p. ex. quarto, markdown).
-      Connaissance des technologies assurant la reproductibilité du traitement des données (conteneurs, environnements, logiciels de gestion des changements).
-      Compréhension des processus et de la gestion du développement logiciel.
-      Capacité à organiser et prioriser la charge de travail.
-      Excellentes compétences en communication scientifique dans un environnement de recherche

Qualifications, expériences et compétences souhaitées :
-      Connaissance de la biologie du cancer.
-      Connaissance de l'application de techniques statistiques aux données biologiques.
-      Connaissance des protocoles de génération de données omiques.
-      Familiarité avec la visualisation des résultats d'analyse omiques.
-      Connaissance des bases de données relationnelles.